新華社南京12月3日電(記者陳席元)RNA甲基化修飾被認為是控制基因表達的“開關(guān)”,但長期以來,該領(lǐng)域研究中有關(guān)基因位點是否有修飾的實驗結(jié)果并不穩(wěn)定。
記者3日從位于江蘇蘇州的西交利物浦大學(xué)獲悉,該校助理教授魏震團隊綜合近1400種研究數(shù)據(jù),開發(fā)可交叉驗證的RNA甲基化修飾位點數(shù)據(jù)庫,為今后評價相關(guān)實驗結(jié)論是否可靠提供參考。研究成果3日發(fā)表在國際學(xué)術(shù)期刊《核酸研究》上,并向全球免費開放。
魏震介紹,RNA甲基化修飾能控制基因的表達,被認為與多種疾病密切相關(guān),也是近年來國內(nèi)外生物學(xué)研究的熱點。
然而,該領(lǐng)域長期面臨一大難題,同一個基因、同一處位點,采用不同的檢測方法,會得到大相徑庭的檢測結(jié)果。
“這篇論文認為某位點有修飾,那篇論文認為沒有修飾,令后來的研究者無所適從,只能重新測一遍,造成重復(fù)勞動和資源浪費?!蔽赫鹫f。
團隊想到,可以用統(tǒng)計學(xué)方法回顧已有研究,檢驗各類實驗結(jié)果的可靠性。
魏震告訴記者,過去兩年里,團隊重點收集了東亞、北美、歐洲三大公共數(shù)據(jù)庫1393個生物學(xué)樣本的原始測序數(shù)據(jù),覆蓋了10種常用的RNA甲基化修飾檢測技術(shù)。
通過“正交驗證”算法,團隊識別出13.5萬個高置信度RNA甲基化修飾位點,建成標準統(tǒng)一、直接可比的數(shù)據(jù)庫,目前已有24個國家的科研人員使用。
“這個數(shù)據(jù)庫將幫助科研人員區(qū)分實驗中出現(xiàn)的信號,哪些是可靠的生物學(xué)標記,哪些只是實驗噪音。”魏震表示,研究中團隊還發(fā)現(xiàn)6000多個基因變異,其中有些變異與抑郁癥等復(fù)雜疾病的RNA甲基化修飾位點呈現(xiàn)高度相關(guān)性,有望為科學(xué)家探究疾病的分子機制提供新角度。
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